Na przestrzeni wieków Orda Nogajska dzieliła się na:
Wielka Orda Nogajska (pozostała na dawnych koczowiskach na wschód od dolnej Wołgi). Uznała dominację rosyjską po podboju chanatów kazańskiego i astrachańskiego przez Rosję (1552–1557).
Mała Orda Nogajska (orda kubańska) nad Morzem Azowskim pomiędzy Donem a Kubaniem – weszła w skład chanatu krymskiego. Część Nogajów, która nie chciała podporządkować się carom rosyjskim.
orda jedysańska (odłam Małej Ordy Nogajskiej, powstała dopiero po 1720 roku).
Po 1630 roku buddyjska orda kałmucka, obca etnicznie i kulturowo Nogajom, wyparła ich z okolic dolnej Wołgi i zajęła stepowe obszary między rzekami Don i Jaik (dzisiejszy Ural) zakładając własne państwo (tzn. w przypadku ludów koczowniczych jest to przejęcie pastwisk).
Po wejściu ziem południowej Ukrainy w skład Imperium Rosyjskiego (ok. 1770) Wielkich Nogajów przesiedlono na nadazowskie równiny pomiędzy Donem a Kubaniem, a potem na stepy nadkaspijskie i besarabskie. Po wojnie krymskiej część ludności mieszkająca nad Morzem Czarnym przeniosła się do Turcji.