W 1996 objął stanowiska wikariusza biskupiego ds. nauki i kultury w archidiecezji poznańskiej oraz przewodniczącego Wydziału Duszpasterstwa Akademickiego w Kurii Arcybiskupiej w Poznaniu. W tym samym roku został konsultorem Komisji Nauki Wiary Episkopatu Polski[4]. W 1983 przygotowywał poznański etap pielgrzymki do PolskiJana Pawła II[1]. W latach 1987–1996 był członkiem redakcji „Przewodnika Katolickiego”, a od 1990 jego redaktorem naczelnym[4].
W latach 1980–1996 był adiunktem, a w latach 1996–1998 docentem na Papieskim Wydziale Teologicznym w Poznaniu. W 1998, po powstaniu Wydziału Teologicznego na Uniwersytecie im. Adama Mickiewicza w Poznaniu, został mianowany profesorem nadzwyczajnym UAM[3]. W latach 1998–2012 pełnił funkcję kierownika Zakładu Filozofii Chrześcijańskiej na Wydziale Teologicznym Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu[6].
Autor szeregu książek i artykułów dotyczących głównie teologii katolickiej[7]. W 2017 w artykule naukowym opublikowanym w „Łódzkich Studiach Teologicznych”[8], uzasadniając tezę o jedności narodu, państwa i Kościoła, przywołał kronikę Kpinomira, podczas gdy nie było ani takiej postaci, ani takiej kroniki. Rewelacje o Kpinomirze były żartem amerykańskiego historyka Philipa Earla Steele’a zamieszczonym w dzienniku „Rzeczpospolita”[9][10].
8 grudnia 2016 papież Franciszek przeniósł go na urząd arcybiskupa metropolity krakowskiego[16][17], o czym wyjątkowo został poinformowany osobiście przez papieża 28 listopada 2016 w Rzymie[2]. 28 stycznia 2017 kanonicznie objął archidiecezję krakowską i odbył ingres do katedry wawelskiej[18][19]. 29 czerwca 2017 odebrał od papieża Franciszka paliusz[20], który uroczyście został mu nałożony 22 października 2017 w katedrze na Wawelu przez arcybiskupa Salvatore Pennacchia, nuncjusza apostolskiego w Polsce[21].
W trakcie pełnienia funkcji biskupa pomocniczego poznańskiego był w ramach Konferencji Episkopatu Polski członkiem Rady Stałej, Komisji Wychowania Katolickiego, Sekcji Nauk Filozoficznych Komisji Nauki Wiary, członkiem Rady ds. Duszpasterstwa Młodzieży oraz delegatem ds. Duszpasterstwa Akademickiego. Ponadto w tym czasie pełnił funkcje delegata Rady Konferencji Episkopatów Europy ds. Duszpasterstwa Akademickiego, a także członka Rady Programowej Katolickiej Agencji Informacyjnej[3]. W 2012 został ponownie wybrany do Rady Stałej Konferencji Episkopatu Polski, tym razem jako biskup diecezjalny[22]. W 2014 został wybrany zastępcą przewodniczącego Konferencji Episkopatu Polski[23], w 2019 uzyskał reelekcję[24]. W 2014 został członkiem Zespołu ds. Wizyty Ojca Świętego w Polsce w 2016 roku[25], w 2018 wszedł w skład Komisji Wspólnej Przedstawicieli Rządu RP i KEP[26] (w 2020 został wybrany na współprzewodniczącego[27]), a w 2019 został delegatem ds. Rycerzy Jana Pawła II[28]. 30 listopada 2013 papież Franciszek mianował go członkiem Kongregacji ds. Edukacji Katolickiej[29][30].
2004: Wybrać większą wolność: Karol Wojtyła o człowieku, Poznań, ISBN 978-83-7015-729-6.
2005: X ważnych rozmów: Marek Jędraszewski odpowiada na pytania Marianny Wielgosz, Poznań, ISBN 83-7015-858-7.
2006: Pasja według Czerwca '56 : droga krzyżowa upamiętniająca 50. rocznicę Powstania Poznańskiego 1956 : Poznań, Wielki Wtorek, 11 kwietnia 2006, Poznań, ISBN 83-7015-930-3.
2006: Tu na tym miejscu...: rzecz na 50. rocznicę Powstania Poznańskiego '56, Poznań, ISBN 83-7015-900-1.
2006: Dekalog: rozważania wygłoszone w ramach cyklu Verba Sacra z okazji obchodów 1050. rocznicy Chrztu Polski, Poznań, ISBN 978-83-8065-006-0.
2007: Poznać Boga i człowieka: Augustyn, Marcel, Stein, Levinas, Poznań, ISBN 978-83-7516-043-7.
2007: Wybrać większą wolność: godność człowieka – niezbywalnym prawem i fundamentem ładu społecznego, Poznań, ISBN 978-83-89250-26-1.
2008: Tu zaczęły się dzieje...: Jan Paweł II, Poznań, 20 czerwca 1983, Poznań, ISBN 978-83-87487-34-8.
2011: Kościół w Poznaniu: czasy biskupa Jordana i kardynała Augusta Hlonda, Poznań, ISBN 978-83-61884-67-5.
2012: Sacratissimo Cordi Polonia Restituta – Najświętszemu Sercu Polska odrodzona: osiemdziesiąta rocznica odsłonięcia i poświęcenia Najświętszego Serca Pana Jezusa, Poznań, ISBN 978-83-62298-35-8.
2013: Dziennikarz – między prawdą a kłamstwem: VII Ogólnopolska Konferencja Pamięć i tożsamość Polaków – dziś, Łódź, 19 października 2013, Łódź, ISBN 978-83-62934-29-4.
↑Conferma del Prefetto e del Segretario della Congregazione per l’Educazione Cattolica e nomine e conferme di Membri nel medesimo Dicastero. press.vatican.va, 2013-11-30. [dostęp 2013-12-01]. (wł.).
↑„Związki homoseksualne są szyderstwem z Boga”. Abp Jędraszewski wzywa do walki o godność. tok.fm, 2018-08-17. [dostęp 2018-08-18].
↑Abp Jędraszewski: Związki homoseksualne to szyderstwo z Boga i człowieka. wiadomosci.dziennik.pl, 2018-08-17. [dostęp 2018-08-18].
↑A. Nowak: Jak arcybiskup Marek Jędraszewski zmienił otwarty krakowski Kościół w przedsoborowy bunkier. newsweek.pl, 2019-04-19. [dostęp 2019-04-19].
↑M. Witkowska: Abp Marek Jędraszewski – poznaniak, który przez Łódź trafił do Krakowa. plus.dzienniklodzki.pl, 2016-12-09. [dostęp 2019-04-19].
↑Abp Jędraszewski mówi o „Julkach” i pyta: Jakim prawem chcecie zabijać nienarodzone dzieci?. Wprost, 17 grudnia 2020. [dostęp 2020-12-25].
↑Msza św. w 75. rocznicę Powstania Warszawskiego I Bazylika Mariacka w Krakowie, 1 sierpnia 2019. diecezja.pl. [dostęp 2019-08-10].
↑Rozmowa o. Dariusza Drążka z Abp. Markiem Jędraszewskim. diecezja.pl, 2019-08-08. [dostęp 2019-08-10].
↑B. Czuma: Kraków. Protest przed kurią przeciwko słowom abpa Jędraszewskiego. wiadomosci.wp.pl, 2019-08-02. [dostęp 2019-08-10].
↑T. Dostatni: Słowa o „tęczowej zarazie” przekreślają istotę mszy. wyborcza.pl, 2019-08-05. [dostęp 2019-08-10].
↑P. Rutkiewicz: Dymisja arcybiskupa Jędraszewskiego? „Czas rozpocząć pokutę. Czas odejść”. Protest w Warszawie. warszawa.wyborcza.pl, 2019-08-07. [dostęp 2019-08-10].
↑D. Gajos-Kaniewska: Sąd o "tęczowej zarazie": słowa abp. Jędraszewskiego były obraźliwe. rp.pl, 2022-10-28. [dostęp 2022-11-02]. (pol.).
↑Sąd odrzucił apelację ws. słów Jędraszewskiego o "tęczowej zarazie". Uznał je jednak za obraźliwe. polsatnews.pl, 2022-10-28. [dostęp 2022-11-02]. (pol.).
↑Poparcie Światowego Związku Żołnierzy Armii Krajowej dla abpa Marka Jędraszewskiego. diecezja.pl, 2019-08-10. [dostęp 2019-08-10].
↑M. Mieśnik: Demonstracja w obronie abp. Marka Jędraszewskiego. Mówił o „tęczowej zarazie”. wiadomosci.wp.pl, 2019-08-10. [dostęp 2019-08-10].
↑Medal Stulecia Odzyskania Niepodległości dla abp. Marka Jędraszewskiego. episkopat.pl, 2018-12-18. [dostęp 2019-03-24].
↑Abp Marek Jędraszewski otrzymał Złotego Hipolita. ekai.pl (arch.), 2015-10-26. [dostęp 2019-07-12].
↑Kraków: abp Jędraszewski i abp Ryś odebrali tytuły Małopolan Roku 2017. ekai.pl, 2018-05-14. [dostęp 2018-05-15].
↑Arcybiskup Jędraszewski Człowiekiem Roku klubów „Gazety Polskiej”. tvp.info, 2020-01-15. [dostęp 2020-02-29].
↑Abp Marek Jędraszewski laureatem Nagrody im. Stefana Kardynała Wyszyńskiego Prymasa Tysiąclecia. diecezja.pl, 2020-01-18. [dostęp 2020-01-18].
↑„Pokazuje drogowskazy do zbawienia”. Abp Jędraszewski z nagrodą im. Ciesielskiego. polskieradio24.pl, 2020-01-25. [dostęp 2020-02-07].
↑Laureaci Nagrody Feniks 2020. swk.pl, 2020-12-03. [dostęp 2020-12-16].
↑M. Chrzczonowicz: Jędraszewski z Nagrodą Główną Feniks. Bo „idzie pod prąd” i „walczy o prawdę” o LGBT i gender. OKO.press, 6 marca 2021. [dostęp 2021-03-08].