Za życia ojca wysłany został na Cypr, który był mu przeznaczony jako dziedzictwo[2]. Po śmierci Ptolemeusza VIII został jednak wezwany do Egiptu przez sympatyzujący z nim lud Aleksandrii (jego miejsce na Cyprze zajął brat Ptolemeusz X)[2]. Współwładał wówczas wraz z matką Kleopatrą III[1]. Początkowo współrządzili oni z Kleopatrą IV, później z Kleopatrą Selene[1]. Tę drugą Ptolemeusz IX poślubił po wymuszonym przez matkę rozwodzie z Kleopatrą IV. W pierwszym okresie swoich rządów prowadził szczególnie aktywną politykę religijną, m.in. samemu pełniąc najwyższy urząd kapłański w kraju - kapłana Aleksandra Wielkiego.
W 110 p.n.e. doszło do zaostrzenia konfliktu między nim a matką, w wyniku czego pozbawiono go władzy i zmuszony był opuścić Aleksandrię; jego miejsce na tronie zajął brat Ptolemeusz X[1][2]. Na krótko powrócił do Egiptu w 109 p.n.e., został jednak wkrótce ponownie wygnany[1]. W następnym roku powrócił po raz kolejny, po czym został wygnany przez matkę po raz trzeci; wówczas przejął kontrolę nad Cyprem i stamtąd usiłował odzyskać władzę[1]. Wszedł w sojusz z Antiochem IX[3].
W 103 p.n.e. angażując się w walki dynastyczne Seleucydów, Ptolemeusz IX wylądował w Palestynie i pokonał żydowskiego króla i kapłana Aleksandra Janneusza[3]. Następnie próbował wtargnąć do Egiptu przez Półwysep Synaj, lecz został powstrzymany przez wojska Ptolemeusza X Aleksandra pod Peluzjum[3]. W tej sytuacji był zmuszony wrócić na Cypr, gdzie wyczekiwał nowej okazji do odzyskania tronu[3].
Po śmierci matki w 101 p.n.e. w Egipcie jako udzielny władca rządził Ptolemeusz X Aleksander[1]. W 88 p.n.e. niezadowoleni z rządów Ptolemeusza X aleksandryjczycy pozbawili go godności królewskiej i wypędzili z Egiptu; wkrótce zginął, próbując zająć Cypr[1]. W związku z tym władzę w Egipcie ponownie zdobył Ptolemeusz IX[3]. Po objęciu tronu dzielił go formalnie ze swoją córką, a zarazem wdową po Ptolemeuszu X, Kleopatrą Berenike III[1]. Faktycznie jednak rządził sam[3].
Po odzyskaniu władzy szybko stłumił powstanie w Tebach[1][3]. W związku z tym zdarzeniem utracił jednak kontrolę nad częścią północnej Nubii[3]. W polityce zagranicznej w ostatnich latach swojego panowania starał się trzymać na uboczu, w pierwszej wojnie pomiędzy Mitrydatesem VI Eupatorem a Rzymem ignorując prośbę Lukullusa o wsparcie rzymskiej sprawy[3][1]. Został pochowany w Aleksandrii[2].
Lata panowania
116-110 p.n.e. - wspólnie z matką Kleopatrą III
110-109 p.n.e. - na wygnaniu
109-107 p.n.e. (z przerwami) - wspólnie z matką Kleopatrą III
107-88 p.n.e. - ponownie na wygnaniu
88-81 p.n.e./80 p.n.e. - wspólnie z córką Kleopatrą Bereniką III
