Twórczość Mánesa wywodzi się z romantyzmu. Inspirowana była malarstwem portretowym szkoły monachijskiej, rodzinnym praskim starym miastem i życiem mieszkańców wsi na Hanie, którzy ucieleśniali dla niego ideał prostoty. Do najbardziej znanych prac należy cykl portretów praskich mieszkańców, stylowe neorokokowe sceny z pobytów na zamku rodziny Silva-Tarrouca w Čechách pod Kosířem na Hanie, tablica z 1865 na praskim Orloju przedstawiająca alegorię 12 miesięcy za pomocą prac rolnych (dziś znajduje się tam kopia, oryginał jest wystawiony w Muzeum miasta Pragi).
Obrazy olejne
Orlí hnízdo
Poutník
Hrobník – trzy obrazy inspirowane jego pobytem w Monachium
Krkonošská krajina – studium z podróży z ojcem Antonínem
Poslední okamžiky Lukáše z Leydenu, též Lukáš Leydenký žebrá na Pražském mostě (1843), Galeria Narodowa w Pradze
Švadlenka (Szwaczka) (1858-1859), portret Františki Pokorné, narzeczonej malarza Adolfa Kosárka, kiedy w momencie szycia szat ślubnych dowiedziała się o śmiertelnej choroby narzeczonego.