Syn Conrada Rüdina (1830–1895), nauczyciela w Sankt Gallen, i Dorothei z domu Schalch, Jego siostra, lekarka Pauline Rüdin (1866-1942), była zamężna za lekarzem i eugenikiem Alfredem Ploetzem.
Od 1917 roku kierował Instytutem Genealogiczno-Demograficznym Niemieckiego Towarzystwa Badawczego Psychiatrii w Monachium. Rüdin był zaangażowany w propagowanie idei eugeniki negatywnej w hitlerowskich Niemczech i w Akcję T4.
Pierwszy raz żonaty w 1920 z Idą Edithą (Ithą) Senger (1888–1926), po śmierci żony ożenił się z jej siostrą Theresią Idą (Resą) (1885–1970). Córka z pierwszego małżeństwa Edith Zerbin-Rüdin (ur. 1921) była psychiatrą.
Wybrane prace
Über die klinischen Formen der Gefängnisspsychosen, Diss. Zürich, 1901
(Hrsg.) Studien über Vererbung und Entstehung geistiger Störungen, 1916-1939
Psychiatrische Indikation zur Sterilisierung, 1929
(Einl.) Gesetz zur Verhütung erbkranken Nachwuchses vom 14. Juli 1933, 1934
(Hrsg.) Erblehre und Rassenhygiene im völkischen Staat, 1934
Die Bedeutung der Eugenik und Genetik für die Psychische Hygiene. Zeitschrift für psychische Hygiene 3, ss. 133-147, 1930
Eugenic sterilization: an urgent need. Birth Control Review, ss. 102-104, april 1933
Das Deutsche Führerlexikon. Berlin: Verlagsanstalt Otto Stollberg GmBH, 1934 s. 397
MM Weber. Ernst Rüdin, 1874–1952: a German psychiatrist and geneticist. „American Journal of Medical Genetics”. 67 (4), s. 323–331, 1996. PMID: 8837697.
ES Gershon. Ernst Rüdin, a Nazi psychiatrist and geneticist. „American Journal of Medical Genetics”. 74 (4), s. 457–458; author reply 461–463, 1997. PMID: 9259388.
E. Zerbin-Rüdin, KS Kendler. Ernst Rüdin (1874–1952) and his genealogic-demographic department in Munich (1917-1986): an introduction to their family studies of schizophrenia. „American Journal of Medical Genetics”. 67 (4), s. 332–337, 1996. PMID: 8837698.
