L-39ZA – znacznie rozszerzona wersja L-39 ZO, wyposażona w mocniejsze podwozie, mogąca przenosić więcej uzbrojenia, a także posiadająca 23 mm, dwulufowe działkoGSz-23L z magazynkiem 150 naboi;
L-39NG – maszyna oblatana 14 września 2015 roku[1]. Samolot wyposażony jest w nowy silnik Williams International FJ44-4M o ciągu 16,87 kN. W kabinie umieszczono nowy wielofunkcyjny wyświetlacz ciekłokrystaliczny firmy Genesys Aerosystems i wyświetlacz przyzierny SPEEL Praha. Zmianie uległa konstrukcja skrzydeł. Zrezygnowano z charakterystycznych dla tej maszyny dodatkowych zbiorników paliwa umieszczonych na końcach skrzydeł na rzecz nowych zbiorników umieszczonych wewnątrz skrzydeł. Publicznie maszynę po raz pierwszy zaprezentowano w dniach 19 - 20 września 2015 roku w Ostrawie na odbywających się tam Dniach NATO[2]. 22 grudnia 2018 roku, w powietrze po raz pierwszy wzbiła się wersja L-39NG w ostatecznym wariancie produkcyjnym. Od prototypów różni się konstrukcją osłony kabiny, jednoczęściową w miejsce poprzedniej, dzielonej na trzy. Zmodyfikowanymi wlotami powietrza do silnika oraz nowym płatem z wewnętrznymi zbiornikami paliwa[3]. 18 września 2020 roku, producent wraz ze strategicznym partnerem Omniool, poinformowali o otrzymaniu przez L-39NG certyfikatu typu. Certyfikat został wydany przez Wojskowy Urząd Lotnictwa Ministerstwa Obrony Republiki Czeskiej, jest on akceptowany przez władzę wojskowe wszystkich państw NATO oraz Unii Europejskiej[4]. 15 lutego 2021 roku, czeska grupa inwestycyjna Omnipol, podała do publicznej wiadomości informacje o sprzedaży tuzina maszyn L-39NG do Wietnamu. W ramach zawartego kontraktu, obok dwunastu samolotów, strona czeska zobowiązała się do przeszkolenia wietnamskiego personelu naziemnego i latającego w obsłudze i eksploatacji maszyn oraz dostarczenia części zamiennych, sprzętu do szkolenia naziemnego, wsparcia logistycznego oraz dostawy systemów lotniskowych do obsługi naziemnej[5]. Senegal zakupił w kwietniu 2018 roku cztery egzemplarze lekkich samolotów szkolno-treningowych L-39NG w wersji lekkiej maszyny uderzeniowej[6].
L-139 – L-39C wyposażony w zachodnią awionikę i silnik Garrett TFE731. Samolot odbył pierwszy lot w roku 1993
L-159/A – najnowsza wersja Albatrosa nosząca nazwę Alca "Advanced Light Combat Aircraft" stworzony wspólnie przez amerykańskie biura konstrukcyjne m.in. Boeing, samolot otrzymał nowoczesną w pełni elektroniczną awionikę, powiększone zbiorniki paliwa, nowszy i mocniejszy silnik Honeywell F-124-GA-100 oraz nowy radar dopplerowski Galileo Grifo.
L-159T1/B – wersja L-159A przebudowana z wersji jednomiejscowej na dwumiejscową, tworząc samolot treningu zaawansowanego.