Urząd został powołany 9 grudnia 1975 roku jako aparat wykonawczy prezydenta miasta Krakowa. Do momentu rozstrzygnięcia wyborów samorządowych w czerwcu 1990 roku urząd rozciągał swoje kompetencje także na obszar województwa krakowskiego. Po zakończeniu reformy administracyjnej w 1990 roku urząd stał się biurem organów wykonawczych gminy miasta Krakowa[1].
Siedziba Urzędu Miasta Krakowa
Urząd Miasta Krakowa, zwany magistratem krakowskim, oprócz swojej oficjalnej (głównej i reprezentacyjnej) siedziby posiada inne siedziby, które mają albo historyczne znaczenie (np. przejęcie obiektów ratuszowych dawnych miast, jurydyk i osad w trakcie powstawania Wielkiego Krakowa), albo podyktowane są pragmatycznością współczesnych czasów. Obecnie siedzibami krakowskiego magistratu są:
os. Zgody 2 (dawny Urząd Rady Narodowej tworzącego się miasta Nowej Huty)
al. Powstania Warszawskiego 10
ul. Wielicka 28A
ul. Bracka 10
ul. Sarego 4
ul. Grunwaldzka 8
ul. Lubelska 27
ul. Kasprowicza 29
ul. Stachowicza 18
ul. Wielopole 17a
Krakowski Ratusz
Siedzibą władz miejskich jest zwyczajowo ratusz, jednak ten historyczny krakowski ratusz istniał od XIII/XIV w. przez ponad pięć wieków do 1820, kiedy to go rozebrano (pozostawiając jedynie wieżę). Od tamtych czasów krakowianie posługują się pojęciem „magistrat” (zamiast ratusz, które w Krakowie ma wyłącznie historyczne konotacje).
W związku z rozwojem terytorialnym miasta i poszerzaniem jego granic administracyjnych poprzez wcielanie okolicznych miast (np. Kazimierz, Podgórze, Kleparz), jurydyk (np. Garbary), osad (np. Stradom), podmiejskich wsi (np. Branice, Bronowice Małe, Bronowice Wielkie), czy innych dystryktów administracyjnych (np. Nowa Huta), w Krakowie znajduje się obecnie kilka historycznych ratuszy, są to: